В Fedora при установке Gnome и KDE по умолчанию используется GDM.
Для использования KDM необходимо создать файл /etc/sysconfig/desktop со следующим содержимым:

DISPLAYMANAGER="KDE"

Чтобы снова использовать GDM удалите этот файл или измените KDE на GNOME.

Для разрешения графического входа в систему от имени пользователя root в файле /etc/pam.d/gdm
закоментируйте строку:

auth required pam_succeed_if.so user != root quiet

или измените на:

auth required pam_succeed_if.so user quiet